Результат полного секвенирование экзома

Секвенирование экзома и новые обследования Егора

23.04.2015 Олег Лажечников 38

У нас началась новая движуха — несколько врачей, несколько обследований. Появился энтузиазм, который обычно быстро пропадает (прошлый раз хватило только на 2 месяца). Надо успеть все провернуть, пока этот не закончился 🙂 Чтобы пост был хоть как-нибудь полезен, а не только рассказывал про Егора, напишу все фамилии, цены, и где были.

Движуха началась не просто так, пришел результат секвенирования. Пока все очень непонятно, но видимо не могло быть иначе, потому что у нас все в жизни в подвешенном состоянии. Выявленные посредством анализа мутации, неизученные, поэтому путь еще предстоит долгий. За последнюю неделю пришлось опять узнать много новых мед терминов.

Что это такое

При секвенировании экзома исследуют только самые важные участки, кодирующие белки, за счет чего можно выявить 85% отклонений. При этом эти участки (экзоны) составляют около 1.5% от всего генома. Если бы не цена 300 тыс руб на секвенирование генома, не было бы смысла делать более дешевую альтернативу — секвенирование экзома.

На днях мы наконец-то получили из Геномеда результаты анализа, которые ждали почти 3 месяца. Анализ стоил 50 тыс рублей, и хорошо, что мы его тогда сделали, неизвестно, сколько он сейчас стоит (хотя может и не сильно подорожал пока), ведь лаборатория, куда отсылается кровь находится не в России, а в Индии.

Секвенирование экзома

В 2014 году секвенирование экзома стало стоить в 2 раза дешевле (раньше 100 тыс рублей) из-за сотрудничества с новой лабораторией (раньше не в Индию отсылали, а еще куда-то и там было дороже), и грех было не воспользоваться шансом узнать, как можно больше, чтобы понять какие-нибудь прогнозы.

Заключение из МГЦ, после 4-х консультаций

Результат секвенирования

Проблема в том, что не все мутации можно определить путем секвенирования экзома. Также есть вероятность ошибки. А нахождение неизученных мутаций (как раз наш случай) вообще может ни о чем особом не сказать.

Вот вам вырезка из заключения, если интересно:

Выявлена ранее не зарегистрированная гемизиготная миссенс мутация в экзоне 2 гена PRPS1 (chrX:106882652; C>T) что приводит к замене аминокислоты триптофана на аргинин в кодоне 84 (p.R84W; ENST00000372435).

Гомозиготные мутации в гене PRPS1 приводят к Х- сцепленным рецессивным синдромам, таким как: Arts syndrome (OMIM#301835), Х-сцепленный рецессивный тип Шарко-Мари-Тута (OMIM#311070) и суперактивность фосфорибозилпирофосфат синтетазы I (OMIM#300661). Мутация p.

R84W не зарегистрирована в базах данных 1000 геномов, а в базах данных SIFT, LRT and Mutation Taster расценивается как вероятно патогенная.

Исходя из выше изложенного, данная мутация оценивается, как мутация с неизвестным клиническим значением и требует сопоставления с клиническими признаками.

Выявлена ранее не зарегистрированная гетерозиготная миссенс мутация в экзоне 8 гена PTEN (chr10:89720750; G>G/A), что приводит к замене аминокислоты аспаргин на аспаргиновую кислоту в коде 301 (p.

D301N; ENST00000371953) Гетерозиготные мутации в гене PTEN приводят к развитию Cowden syndrome 1 (OMIM#158350) аутосомно-доминантного типа.

Исходя из выше изложенного, данная мутация оценивается, как мутация с неизвестным клиническим значением и требует сопоставления с клиническими признаками.

Скорее всего, вы ничего не поняли, и я тоже не все понимаю 🙂 Но уже читаю-читаю. Жаль только, на русском языке совсем мало информации, а на английском там такой уровень нужен, чтобы понимать, какого у меня нет.

Но ничего, есть же гугл транслейт! Пока могу сказать, что синдромы, которые бывают в этих же генах совсем нехорошие, если можно так выразиться.

И хотя большинство людей является носителями всяких разных серьезных синдромов, оставаясь при этом здоровыми, в нашем случае с Егором все портит клиническая картина, она-то как раз и говорит за тот же синдром Арта и моторно-сенсорную нейропатию.

Смущает в этих синдромах, что ребенка возможно нельзя подвергать сильным физическим нагрузкам. И это нам сейчас очень важно понять, чтобы не навредить ему реабилитацией в Китае (надо знать, насколько можно его нагружать).

Смущает не только это, конечно, но о многих других неприятных симптомах мы будем думать потом, когда ясность появится.

Наверное, главный удар для нас это то, что при этом синдроме у ребенка всегда умственная отсталость и, как оказалось, мы к этому совсем не готовы морально.

Обследования и врачи

Конечно же, мы обратились к генетикам, потому что самим в этом не разобраться. В первую очередь пошли к Дадали. Она принимает в Геномеде (4000 руб) и теперь слава богу нет этой ужасной записи к ней, когда надо было звонить в единственный день месяца утром и записываться на следующий месяц (если дозвонишься).

Правда, нового она нам пока ничего не сказала, мол да, похоже на синдром Арта, и предложила проверить еще раз ген PRPS1 у Егора на синдром Арта (4400 руб в Геномеде) и носительство мутации у Дарьи (2400 руб в МГЦ).

Прикольно, что сама предложила сэкономить, и сдать анализ в МГЦ (Егору тоже можно было там, но мы не захотели его лишний раз тащить), вот что значит человек работает не только за деньги.

На приеме у генетика Дадали

Еще нам посоветовали написать в зарубежные лаборатории, которые занимаются генами PRPS1 и PTEN. Возможно кто-то согласится взять нас, как подопытных кроликов и поизучать, раз мутации еще не изучены. Ну, и скажут что-то полезное, ведь они больше всех должны в этом понимать.

Побщались с Харьковскими генетиками, которых я как-то рекомендовал.

Пообщались, как обычно через интернет (вот он технический прогресс!), но они не видят для себя никакой новой информации (с Харьковом мы корректирует обмен веществ с помощью различных добавок), так как они занимаются биохимией, а Егоровские мутации о ней ничего не говорят. Кстати, Дадали не видит в этом во всем смысла, раз лактат в порядке. Но это так, к слову.

Также обещали помочь из лаборатории Института стволовых клеток (спасибо, Тоне и Паше, которые дали контакты) и прогнать данные секвенирования еще через один анализатор, что возможно даст какую-то новую информацию.

Наконец-то побывали недавно у хорошего офтальмолога Вадима Бондаря (прием стоит 3000 руб, если ехать к нему в Новокосино, в других центрах 5000 руб) и получили исчерпывающую консультацию. Рекомендую всем, кто тоже сторонник доказательной медицины.

На приеме у Вадима Бондаря

Ко всему прочему сделали еще одно ЭМНГ (5500 руб) в НИИ Педиатрии на Ломоносовском у Куренкова и Клочковой. Первое ЭМГ показало демиенилизацию периферических нервов и нужно обязательно было посмотреть в динамике, что дальше будет. Главное, что нет регресса, очень за это переживали. Но жаль, что и прогресса нет тоже никакого.

ЭМНГ — часть процедуры крайне болезненна

P.S. Такие вот будни у нас. Егор уже белых халатов боится, как огня, замучили ребенка анализами крови, он ее сдал уже столько раз, сколько мы с Дарьей за всю жизнь вдвоем не сдали. Поскорее бы своих в Китай отправить, далеко не отдых, конечно, но хотя бы тепло. Возможно я тоже с ними поеду, хотя перелет туда дороговато выходит.

P.S.S. Из Геномеда позвонили через 2 месяца и сказали, что анализ на самом деле стоит не 4400 руб, а 12500 руб, и предложили приехать доплатить. На что им было сказано, что договор об оказании услуг подписан, а услуги нами уже получены 🙂 На самом деле, если бы мы знали о таких ценах, то не задумываясь делали бы в МГЦ.

Как мы экономим на добавках и витаминах

Витамины, пробиотики, муку без глютена, косметику, спортивное питание, мы заказываем на iHerb.com (по ссылке скидка 5$). Доставка в Москву всего 1-2 недели. Многое дешевле в несколько раз, нежели брать в российском магазине.

Получить скидку 5$ →

Источник: http://egor.life-trip.ru/sekvenirovanie-ekzoma/

Полное экзомное секвенирование в Израиле: отзывы | Клиника Хадасса

Полное экзомное секвенирование (whole exome sequencing, WES) – это генетический тест, который помогает обнаружить изменения (варианты) в генетическом коде пациента. Эти варианты могут быть причиной генетических заболеваний.

У человека примерно 20 000 генов. Большинство болезнетворных мутаций находятся в кодирующих участках генов – экзонах. Совокупность всех экзонов составляет экзом.

Цель полного экзомного секвенирования – найти все генетические варианты, чтобы поставить точный диагноз или подтвердить уже существующий.

В отличие от большинства генетических тестов, которые исследуют одиночный ген или заранее определенный набор генов, полное экзомное секвенирование позволяет одновременно изучать тысячи генов.  

Вопросы и ответы

• Зачем проводят полное экзомное секвенирование?
  • Поставить правильный диагноз или уточнить существующий
  • Подобрать подходящее лечение
  • Определить прогноз развития заболевания
  • Подтвердить или исключить генетическое заболевание у членов семьи
  • Оценить риск рецидива 
  • Спланировать семью
• Как проводится полное экзомное секвенирование?

  Для проведения текста нужны 3 образца крови – самого пациента и обоих биологических родителей. ДНК выделяется из всех 3 образцов, затем в лаборатории проводится секвенирование. 

  При этом оцениваются характеристики каждого варианта: тип генетического изменения, есть ли подобное изменение у родителей, как часто вариант встречается в целом. Это помогает понять, может ли исследуемый вариант быть причиной генетической болезни у пациента.

• Каковы преимущества ПЭС?
  • Позволяет выявить генетические варианты, объясняющие клиническую картину у пациента, и поставить верный диагноз.
  • Позволяет предсказать течение болезни и выбрать подходящее лечение или профилактические меры.
  • Позволяет оценить возможные риски, а также поставить диагноз другим членам семьи.
• Каковы риски ПЭС?
  • Даже если найден генетический вариант, спровоцировавший болезнь, и поставлен точный диагноз, лечение может не поменяться. Также может выясниться, что на сегодняшний день лечения конкретного заболевания не существует.
  • В некоторых случаях врач может порекомендовать дополнительные тесты для уточнения результатов ПЭС. 
  • Риски, связанные с материальными затратами
  • Психологический фактор
• Каковы ограничения ПЭС?
  • В некоторых случаях ПЭС не помогает поставить точный диагноз
  • На сегодняшний день 95 % экзома хорошо поддается секвенированию и интерпретации. Это означает, что 5% экзома остаются неисследованными. Если ответственные за болезнь генетические варианты находятся в этой области, их не выявить.  
  • ПЭС исследует наиболее важные, кодирующие участки генов – экзоны. Генетические изменения в других областях могут остаться не выявленными.
  • ПЭС может не определить некоторые типы вариантов, среди которых крупная делеция/инсерция и экспансия тринуклеотидных повторов. Последняя связана с такими заболеваниями, как хорея Гентингтона и болезнь Кеннеди.   
  • Медицине пока не известны роли всех генов и их вариантов. По этой причине найденные варианты интерпретируются не на 100 %. Но исследования продолжаются, и пациенты могут периодически обращаться для обновления результатов теста. Со временем новая информация становится доступной.
  • Интерпретация результатов ПЭС зависит от точности клинических данных и семейного анамнеза
• Какие результаты дает ПЭС?
  

  Первичные результаты:

  • Варианты в генах-провокаторах заболеваний, симптомы которых схожи с клинической картиной пациента. В том числе ПЭС дает информацию о том, является ли человек носителем рецессивных заболеваний. 
  • Варианты в генах неопределенной значимости – если они с большой долей вероятности влияют на заболевания, но в точности это неизвестно.

  Вторичные результаты:

  Вторичные результаты – это перечень вариантов, которые гипотетически могут быть связаны с различными патологиями. При этом они напрямую не связаны с причиной, по которой проводилось секвенирование. Пациент или его родители могут выбрать, узнавать о вторичных результатах или нет.

  Информация о возможных рисках помогает принять меры профилактики. Например, вовремя пройти обследование на онкологические заболевания.

  Вторичные результаты могут вызвать тревогу и беспокойство. Также может потребоваться дополнительное медицинское вмешательство.

  На сегодняшний день вторичные результаты сообщаются в 2 случаях:

  • если они затрагивают один из 59 генов из официально признанного перечня
  • если известно или предполагается, что найденные варианты связаны с заболеваниями.

• Зачем нужны образцы ДНК родителей?

  Образцы родителей нужны для получения достоверных результатов. Интерпретация ПЭС будет более точной, если можно сравнить результаты пациента и обоих родителей.

  ! Родители не получают полного отчета о своих результатах.

  ! Если пациент унаследовал генетические варианты от одного из родителей, это будет упомянуто в отчете о результатах пациента. Родители могут узнать о диагнозе, рисках для здоровья или о том, являются ли они носителями рецессивных заболеваний.

  ! Не сообщается о вариантах, которые были найдены у родителя, но отсутствуют у пациента.

• Что еще может рассказать ПЭС о членах семьи?

  Для теста необходимы образцы ДНК обоих родителей. В процессе тестирования может выясниться, что предполагаемые мать или отец не являются биологическими родителями.

  В таких случаях получить достоверные результаты невозможно, и тестирование прекращается. При этом оплачивается уже проведенная работа лаборатории.

  Иногда результаты могут указывать на то, что родители пациента состоят в родстве, например, приходятся друг другу двоюродными братом и сестрой.

Источник: https://hadassah-extra.ru/procedures/polnoe-ekzomnoe-sekvenirovanie-v-izraile/

Полное секвенирование экзома с анализом 22000 генов кровь с эдта

Полное секвенирование экзома включает анализ кодирующих последовательностей всех известных генов

Тест предназначен и рекомендуется, когда другие генетические исследования не позволили установить диагноз, а в ряде случаев – как тест первой линии. Это исследование может быть назначено:

При недифференцированной задержке развития/умственной отсталости.

При расстройствах аутистического спектра.

При недифференцированных формах врожденных пороков развития в сочетании с задержкой развития или без нее.

В качестве первого теста для диагностики генетически гетерогенных заболеваний (например нервно-мышечные заболевания).

Для определения статуса носительства наследственных заболеваний.

Преимущества исследования: полное секвенирование экзома более эффективно выявляет возможные патогенные мутации в генах-кандидатах (генах предрасположенности), которые ранее не были определены как связанные с наследственными заболеваниями.

Возможные варианты заключения:

Положительный или «аномальный» результат означает, что существуют некоторые изменения в генетическом материале. Как правило, эти изменения являются патогенными, то есть доказана их ассоциация с генетическими заболеваниями. В данном случае необходимо получить консультацию врача-генетика для выяснения, что данный результат может означать для пациента, его детей или других членов семьи.

Необходимо получить консультацию врача-генетика для получения рекомендаций по дополнительному генетическому тестированию.

В ряде случаев полное секвенирование экзома требует сочетания с хромосомным микроматричным анализом.

• Результат с неопределенным значением

В результате полноэкзомного секвенирования могут быть обнаружены изменения ДНК, значение которых до конца не выяснено. Некоторые из этих изменений могут оказаться патогенными, но ранее не описанными, другие могут оказаться вариантом нормы. Для того, чтобы определить, являются ли данные изменения значимыми, требуется обследование родителей, либо других родственников обследуемого.

Данный тест иногда может обнаружить изменения в ДНК человека, которые не связаны с тем заболеванием, которое явилось причиной проведения тестирования, но тем не менее приводящие к серьезной патологии (которая не диагностирована у пациента на момент проведения исследования). Это называется непредвиденным результатом. Возможные непредвиденные результаты включают, например, мутации, которые увеличивают риск рака или сердечно-сосудистых заболеваний.

Во всех случаях по результатам секвенирования всего экзома необходимо получить консультацию врача-генетика.

Как пройти исследование?

Материал для исследования: Венозная кровь с ЭДТА 2 мл.

Дни забора (приема) материала: по графику работы медицинского центра

При себе необходимо иметь направление и выписки/заключения от врачей

источник

Секвенирование экзома и новые обследования Егора

23.04.2015 Олег Лажечников 38

У нас началась новая движуха — несколько врачей, несколько обследований. Появился энтузиазм, который обычно быстро пропадает (прошлый раз хватило только на 2 месяца). Надо успеть все провернуть, пока этот не закончился

Источник: https://siestafit.ru/analiz-krovi/polnoe-sekvenirovanie-ekzoma-s-analizom-22000-genov-krov-s-edta/

Клинический экзом и его секвенирование

Геном — совокупность всего наследственного материала, заключенного РІ клетке организма.Р­РєР·РѕРЅ – последовательность ДНК, которая кодирует синтезируемый белок.

Р­РєР·РѕРј – совокупность всех СЌРєР·РѕРЅРѕРІ. РћРЅ составляет менее 2% РѕС‚ всего генома.

Клинический СЌРєР·РѕРј – совокупность всех генов СЌРєР·РѕРјР°, клиническая СЃРІСЏР·СЊ которых СЃ заболеваниями научно доказана.

Он составляет примерно четверть генов полного экзома, однако именно в нем располагаются около 85% всех известных медицине клинически значимых мутаций.

Секвенировние клинического экзома

Секвенировние клинического экзома является оптимальным исследованием при подозрении на наследственные заболевания с точки зрения соотношения вероятности нахождения клинически значимых мутаций и затрат на исследование. 85% всех известных клинически значимых мутаций содержится именно в нем.

Секвенирование – установление нуклеотидной последовательности ДНК, самый точный анализ наследственной информации РЅР° сегодняшний день. Генетическая структура ДНК определяет наличие генетических (наследственных) заболеваний.  Р”оступно более 4800 генов.

Наследственные заболевания и секвенирование

Что позволяет заподозрить наличие наследственного патологии?

-Семейный характер заболевания

-Тяжелое хроническое прогредиентное рецидивирующее течение болезни

-Специфические симптомы (малые аномалии развития и врожденные пороки развития)

-Множественность поражения органов и систем организма

-Врожденный характер заболевания

-«РњРѕР»РѕРґРѕР№» возраст начала заболевания, необычный характер течения

-Резистентность к наиболее распространенным методам терапии

-Наличие в анамнезе паталогически протекавших беременностей, в том числе самопроизвольное замирание беременности и выкидыши.

-Наследственные заболевания

Наследственные заболевания являются актуальной проблемой современного здравоохранения.

РџРѕ данным Р’РћР— оценочное число наследственных болезней может достигать 10000, Р° количество больных – 10% всего населения земного шара.

Первостепенная задача, стоящая перед лечащим врачом, состоит в исключении или подтверждении генетической природы заболевания, что позволяет определить тактику лечения, дать прогноз жизни и здоровья больному и его родственникам.

Постановка клинического диагноза редкого заболевания часто бывает затруднена, особенно у новорожденных. В таких случаях молекулярная диагностика имеет определяющее значение.

Р’ зависимости РѕС‚ конкретной клинической задачи требуется исследование разных РїРѕ размеру участков генома – РѕС‚ РѕРґРЅРѕРіРѕ нуклеотида РґРѕ всего генома.

В каких случаях необходимо секвенирование клинического экзома?

-При подозрении на генетическую патологию, для которой нет специализированных генетических тестов.

-В случае поиска мутации в генах, для которых нет специализированных генетических тестов.

-В случае необходимости комплексного генетического тестирования при подозрении на генетическую патологию.

-При неясной клинической картине заболевания в случае, когда точный выбор необходимых для анализа генов затруднен.

-При выяснении носительства моногенных заболеваний при планировании ребенка.

Кто наши пациенты?

-Дети, в том числе новорожденные, с неясной симптоматикой.

-Пациенты без выраженной симптоматики, в семье которых были или есть случаи генетических заболеваний, с целью оценки возможности развития наследственного заболевания у них.

-Пациенты с выраженной симптоматикой с целью подтверждения или исключения наследственной природы заболевания.

-Пациенты с выраженной симптоматикой с целью подтверждения или исключения наследственной природы заболевания в случае, если классические методы генетического тестирования не дали результатов

-Семейные пары, планирующие детей, с целью выявления у них носительства наследственных заболеваний, которые могут быть переданы по наследству.

-Пациенты, интересующиеся влиянием своих индивидуальных генетических особенностей на риск развития онкологических, сердечно-сосудистых, эндокринных и других заболеваний, с целью понимания оптимального для них образа жизни, питания, плана приема медикаментов, плана спортивных занятий.

Преимущества методики секвенирования

Секвенирование проводится один раз в жизни. Повторное исследование не требуется.

При появлении в медицине новых данных о тех или иных генах, мутациях и заболеваниях достаточно вернуться к полученным единожды данным и проанализировать их с учетом новой информации.

Источник: http://www.LifeMedical.ru/news/news_244.html